Quelques années après leurs aventures à bord du Nautilus et la défaite de Neo Atlantis, Nadia aspire à être journaliste tandis que Jean vit toujours au Havre, en France, et poursuit ses rêves d'inventeurs. Un jour, Jean retrouve une jeune fille échouée au bord d'une plage. Pendant ce temps, Nadia enquête sur la disparition de hauts fonctionnaires et dirigeants dans le monde entier. Elle est enlevée mais à le temps de faire parvenir à Jean des documents important. Jean décide de secourir celle qui fait toujours battre son coeur...
Le film se situe chronologiquement après la série TV. Malheureusement, le film n'atteint pas le niveau de cette dernière...Appartient à la série des: - Nadia, le secret de l'eau bleue