Un mois s'est écoulé depuis le festival culturel du lycée et Haruhi Suzumiya a déjà un autre projet d'envergure pour la brigade SOS : organiser une fête de Noël dans la salle du club ! Déguisements sexy et fondue japonaise seront bien entendu au menu. Mais quelques jours plus tard, alors que les membres de la brigade s'attèlent à préparer la fête, un évènement étrange se produit. Haruhi manque soudainement à l'appel et toute la classe semble avoir oublié jusqu'à son existence. À l'exception de Kyon qui va tout faire pour retrouver son amie et redonner au monde l'originalité que lui avait apporté la créatrice de la brigade SOS. Mais la disparition de Haruhi Suzumiya semble résulter de phénomènes spatio-temporels des plus inquiétants...