Partout dans le monde, les apparitions d'Ovnis se multiplient. Dans le plus grand secret car, discrètement, d'énigmatiques hommes en noir réduisent les témoins au silence. Ce sont justement à ces individus que se heurte l'agent Rafferty, qui ne tarde pas à découvrir l'existence d'un vaste projet d'invasion de la terre par une intelligence extra-terrestre. Dans son combat, Rafferty reçoit l'aide d'un alien, Comdor, allié des humains...