En l’an U.C. 0087, rendue exsangue et très méfiante par cette longue guerre, la Fédération crée en U.C. 0083 une armée d'élite, les Titans. Leur rôle est de traquer les survivants des Forces de Zeon et de garantir le maintien de la paix.

Mais les Titans gagnent de plus en plus en autonomie et en viennent à réprimer par la force armée...

UC 0093, Neo Zeon dirigée par l'ancienne Comète Rouge de Zeon, Char Aznable en personne, revient avec une nouvelle armée montée au nez et à la barbe de la Fédération. Pendant ce temps, l'AEUG est dissoute. Elle est remplacée par Londo Bell, dont le but est similaire aux Titans : prévenir toute attaque de Neo Zeon....

Quatre ans après la fin de la guerre d’indépendance de Zeon, les vaincus forment des groupuscules pour continuer la lutte dans l’ombre. C’est ainsi qu’en l’an U.C. 0083, les survivants de Zeon apprennent l’existence de deux prototypes Gundam équipé d’armes nucléaires. Ils chargent alors l’un des leurs, un pilote d’élite nommé Gatō, de s’infiltrer...

L'Humanité a colonisé l'espace, avec des regroupements de colonies situés à chacun des cinq points de Lagrange Terre/Lune. Sur Terre, les nations se sont unies au sein de l'Alliance. L'Alliance dirige les colonies d'une main de fer, tandis que celles-ci se regroupent autour de Heero Yuy pour exprimer leur désir de paix.

En l'an 175 de la...