Diffusé le 30/07/2002 - 23 min
Isshiki ordonne l'attaque de Tokyo Jupiter à l'aide de six nouvelles armes, les T.J Buster, afin de détruire le dôme qui entoure la ville. Ayato ne saisit toujours pas la signification des tatouages du Xephon, et qui parsèment son corps. Mamoru, quant à lui, continue de tourner autour de la famille Rikido, mais dans quel but ?
Diffusé le 06/08/2002 - 23 min
Haruka décide de quitter Terra et de ne plus obéir à Isshiki. Quon, sur l'île de Barbemu, continue tranquillement de jouer du piano. Reika apparait alors. Elle est en fait Ishtori. Ishtori apparaît devant Quon. C'est à ce moment que l'œuf dimensionnel noir éclot... Le dôme est enfin détruit mais cela entraîne alors des effets inattendus...
Diffusé le 13/08/2002 - 23 min
À la grande surprise de Terra et des habitants de la terre, Mu a décidé de faire une apparition un peu partout dans le monde. Jin Kunugi est enfin de retour à son poste de commandant et il va avoir fort à faire face à la nouvelle menace que représente Mu pour le monde entier. Des hologrammes apparaissent ici et là, témoignant que la fin est proche. Une de ces apparitions n'est autre que le commandant des forces armées de Mu, Kuki Masayoshi. Il propose alors à Terra d'abandonner les armes et de leur livrer RahXephon sans opposer de résistance. L'ultimatum est lancé et ils n'ont que 24 heures pour se décider...
Diffusé le 20/08/2002 - 23 min
Nira-Kanai n'est plus. Son autodestruction a permis à Jin Kunugi de détruire le dolem Largo piloté par le chef des armées ennemies, Kuki Masayoshi. C'est le calme avant la tempête, dans la mesure où les préparatifs de la bataille finale se mettent en place. Ayato et Quon vont désormais devoir s'affronter dans un combat qui ne laissera personne indemne. Ayato va également découvrir la vérité sur sa relation avec Haruka.
Diffusé le 27/08/2002 - 23 min
Ayato et le Xephon viennent de fusionner pour donner naissance au RahXephon sacré. Les dolems sont bien plus puissants que les forces de Terra et l'appui d'Ayato pourrait bien faire pencher la balance en leur faveur. Elvy Hadhiyat va tenter de détruire la plus grosse partie de l'armée adverse grâce à son système de TDD (trans dimensional drive unit) en créant une zone similaire à Tokyo Jupiter.
Diffusé le 10/09/2002 - 23 min
Alors qu'Haruka se lamente sur le départ d'Ayato et pense ne plus jamais le revoir, Megumi lui explique qu'elle ne doit pas abandonner son amour et qu'elle doit forcer les événements. Pendant ce temps, l'affrontement final entre les deux RahXephon sacrés se déroule dans un premier temps sous une forme introspective et ensuite dans un terrible combat. Ayato n'est pas le seul à se battre car sur Terre, les comptes se règlent et le sang coule à flots.
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