De longues années après la fin du 1er Gunbuster, les aliens réapparaissent. Au même moment, certains humains naissent avec des pouvoirs psychiques, les Topless et eux seuls peuvent contrôler les nouveaux méchas, les Gunbuster, réunis dans l'organisation La Fraternité. Commence alors une grande aventure, faite de combats spatiaux et de combats...