En 2005, Snake semble avoir encore du pain sur la planche. Mais contrairement au précédentes missions, il n'agira pas seul. Il sera accompagné de Pierre Leclerc (tireur d'élite français, descendant d'un haut-gradé connu) et d'Elizabeth Laeken (femme soldat ayant souvent des conflits avec ses supérieurs), leurs ordres viennent directement de Harrison Bishop (fils du Sénateur évoqué ci-dessous). Leur mission: Trouver le sénateur Abraham Bishop, le ramener et savoir où se trouve les Metal Gear afin de les détruire.