Les vacances s'achèvent pour Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max. A la fin de l'été où Ben a découvert l'Omnitrix tous trois retournent pour la rentrée à leur ville natale de Belwood, au désespoir de Ben, qui doit donc arrêter de jouer les super-héros pour reprendre une vie normale.
Cependant, cette fin n'est pas aussi calme qu...
Pendant une bataille avec le docteur Amino, Ben ne prête pas attention à ce que racontent Max et Gwen et se fait aspirer par un faisceau lumineux. Il est donc maintenant impératif de retrouver le créateur de la montre, un certain Azmuth, qui est le seul à pouvoir empêcher l'Omnitrix de s'autodétruire, sauvant Ben et toute la galaxie. Un problème...
Infectés par une molécule extraterrestre, Ben, Gwen et Kevin vont devoir faire face à Rex, un personnage qui a la capacité incroyable de se développer sur des machines grâce à son corps...
Ben Tennyson, un garçon de dix ans, rentre enfin de ses vacances d'été... et sa vie est sens dessus dessous ! Humilié par son prof, malmené par les petites brutes de son école, privé de sortie par ses parents et coincé avec un Omnitrix déréglé qui fait disparaître son devoir, Ben saute sur l'occasion "d'échapper à tout ça" en explorant la galaxie...
