Les survivants d'un naufrage sont retrouvés sur une île mystérieuse, qui semble désolée à cause des nombreux essais nucléaires effectués non loin de là, mais qui en son coeur abrite pourtant une végétation luxuriante. Afin de l'explorer, le Japon met en place une expédition...
Un œuf gigantesque est découvert dans une baie. De riches industriels l'achètent et font construire un parc d'attraction autour. Cet œuf se révèle être l’œuf de Mothra, la mite géante, qui vit sur une île autrefois paisible, mais dévastée par les tests atomiques. Là-dessus, Godzilla se réveille, et détruit tout sur son passage jusqu'à l’œuf de...
La chute d'une météorite ramène à la vie le monstre Battra, dont la mission est de défendre la terre jusqu'à en détruire l'humanité qui la pollue. Godzilla se reveille aussi...
Le monstre Daganra apparaît. Dragon sous-marin créé il y a des milliers d'années par la civilisation disparue de Nilai Kanai, finalement détruite par sa création. Il se nourrit de pollution et produit des sortes d'étoiles de mer géantes et destructrices....
Tombant du ciel, dans une météorite King Gnidora commence a tout détruire et a enlever les enfants. Mothra tente de l'affronter mais elle n'est pas de taille : il lui faut retourner dans le passé...
