Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges est assaillie par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVAs. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact..

Après le 2nd impact, la terre est dévastée mais l'humanité a réussi à survivre. Cependant une nouvelle menace est proche, l'attaque des anges va commencer et si ils arrivent à entrer en contact avec adam (le premier ange, celui qui a déclenché le 2nd impact) alors se produira le 3ème impact qui aura pour effet la destruction complète de l'...

La NERV, grâce aux androïdes de synthèse appelés Evangelion, est parvenue à repousser les premiers assauts des "anges", ces créatures gigantesques et mystérieuses. Mais le répit est de courte durée pour Shinji et ses compagnons car la lutte reprend de plus belle...

14 ans ont passé depuis le Troisième Impact. Les attaques des anges contre l'humanité continuent.

Shinji Ikari est ramené à la vie et découvre que le monde a changé: la Terre a été ravagée, ses anciens alliés de la NERV lui sont dorénavant hostiles et Rei Ayanami, la fille pour laquelle Shinji a tout risqué, demeure introuvable. Alors qu'...