Hairi et Danny travaillent tous les deux pour Klon Technologies à la recherche d'antidotes pour les différents virus qui agressent les habitants de la ville de Metrofulus. Mais dès qu'un antidote est trouvé, apparaît alors une nouvelle menace biologique à combattre.
Alors qu'ils travaillaient sur l'éradication du virus 266, Hairi ingère...
Le maléfique professeur Klon est de retour. Cette fois il est parvenu à contrôler le gouvernement et à devenir président de Métrofulus mais aussi à contrôler les réserves d'eau fraîche. Alors que notre planète bleue n'a plus que 72 heures avant de devenir noire, Cicakman arrive à la rescousse...
Sept ans après les événements de "Cicakman 2: Planet Hitam".
Cicakman, l’ancien super-héros de Metrofulus a disparu, et des gens prétendent qu'il est mort ou a pris sa retraite.
Son plus grand fan, Man, est obsédé par Cicakman et, en conséquence, son comportement immature provoque le divorce d'avec sa femme...
