Nous sommes en 2065. La terre est infestée d'esprits extra-terrestres et l'humanité est menacée d'extinction. Guidée par un rêve étrange et par les conseils du Dr. Sid, son mentor, la scientifique Aki Ross tente de réunir les huit esprits susceptibles de libérer une force suffisamment pure et puissante pour éradiquer toute présence extra-terrestre...

Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth ; Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et de rentrer à Midgar. Durant leur fuite, ils se souviennent des événements atroces ayant pris place à Nibelheim et leur combat désespéré contre le conglomérat Shinra...

Alors qu’il sillonne les routes aux côtés de trois amis proches, à la veille de son mariage à la princesse Lunafreya Nox Fleuret, le prince Noctis apprend à la radio l’invasion de son royaume par les forces impériales, à la veille de la signature du traité de paix. Mais ce n’est pas tout : le même communiqué lui apprend que Noctis lui-même...