Diffusé le 15/07/2005 - 42 min
L'expédition d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith -qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague ! McKay imagine un plan intelligent mais risqué, et le temps joue contre lui...
Diffusé le 22/07/2005 - 44 min
L'équipe d'Atlantis rend visite à la terre par la porte des étoiles. Pendant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique qui permet aux Wraith d'accéder à son hyperpropulsion - et à la Terre.
Diffusé le 29/07/2005 - 42 min
L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.
Diffusé le 05/08/2005 - 42 min
Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.
Diffusé le 12/08/2005 - 42 min
L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.
Diffusé le 19/08/2005 - 44 min
Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.
Diffusé le 26/08/2005 - 44 min
Sur un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith qui a été élevée comme une humaine. Le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN Wraith. Mais que lui arrivera-t-elle si elle se sert du rétrovirus avant qu'il n'ai était achevé ? Pendant ce temps là, l'équipe fait la connaissance du docteur Keller.
Diffusé le 09/09/2005 - 42 min
Le Lieutenant Colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard ?
Diffusé le 23/09/2005 - 44 min
Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.
Diffusé le 23/09/2005 - 44 min
L'équipe du Lieutenant Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte contre les Wraiths. Il élabore alors un plan avec l'aide de Sheppard et McKay pour détruire un vaisseau ruche qui est en approche, mais tout ne se passe pas comme prévu...
Diffusé le 16/11/2005 - 44 min
Sheppard et son équipe sont faits prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau ruche, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. De leurs côté Teyla et Ronnon commencent à sentir le manque d'enzyme... McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?
Diffusé le 28/11/2005 - 44 min
Sur la planète alien, Sheppard traverse une porte menant à une caverne, et il se retrouve prisonnier d'un monde ou le temps passe plus rapidement. L'équipe doit le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.
Diffusé le 05/12/2005 - 44 min
Un agent de la confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis. L'équipe doit démasquer l'espion avant que les Wraiths n'arrivent et ne trouvent la cité. Pendant ce temps, Teyla préside aux obsèques d'une amie très chère.
Diffusé le 10/12/2005 - 44 min
McKay est prisonnier d'un jumper englouti. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il lui reste seulement trois heures d'oxygène. La Samantha Carter chimérique de McKay pourra-t-elle sauver la situation ?
Diffusé le 19/12/2005 - 44 min
L'équipe découvre un monde qui possède de la technologie défensive Ancienne, où le Colonel Sheppard se trouve être un pion dans la rivalité entre les prétendants au trône.
Diffusé le 02/01/2006 - 44 min
L'équipe trouve deux capsules où ont été téléchargés les esprits de deux aliens. Quand les aliens s'emparent des corps de Weir et Sheppard, ils recommencent leur lutte à mort, semant la panique dans la base.
Diffusé le 09/01/2006 - 44 min
Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.
Diffusé le 16/01/2006 - 44 min
Un jeune Lieutenant amnésique fait une découverte perturbante à son sujet : il est un Wraith transformé par le rétrovirus du Docteur Beckett.
Diffusé le 23/01/2006 - 44 min
Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.
Diffusé le 30/01/2006 - 44 min
Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.
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