Tetsurô est rentré sur Terre qui est au mains des soldats de la reine Prométhium. Maetel lui demande de le rejoindre afin de retrouver le Galaxy Express 999 et d'y refaire un nouveau voyage. Il devra combattre Faust aidé du capitaine Harlock.

Suite à un énorme bouleversement cosmique, la planète La Metalle quitte son orbite et sombre dans un hiver éternel. Princesse héritière d’un monde qui se meurt lentement, la jeune Maetel doit faire face à la famine et à la mort. Seules les machines sont à même de survivre dans ce nouvel environnement, et la Reine Prometheum n’a d’autre choix que...