2012. Le monde est ravagé par une terrible maladie. Les enfants étant, pour une raison inconnue, immunisés contre le virus, ont survécu. Mais ces derniers ont été réduits en esclavage par des vampires qui sont tout à coup sortis du centre de la Terre.
Yûichirô Hyakuya et Mikaela Hyakuya, deux orphelins, servent de « garde-manger » aux vampires : ils ont le droit de vivre, en échange d'un prélèvement quotidien de leur sang. Après une tentative d'évasion qui se solde par un massacre de ses amis, Yûichirô réussit à s'échapper, en laissant pour mort Mikaela...