Pendant la Seconde Guerre Mondiale, l'armée japonaise conçoit le Râ, un sous-marin révolutionnaire que son équipage décide de ne pas utiliser par peur de sa puissance. Confronté à un vaisseau similaire du côté américain, le Liberty, la bataille qui s'en suit détruit les deux bâtiments. Seuls arrivent à s'en sortir le second du Râ, et Annette, une mystérieuse jeune femme présente sur le navire japonais.

De nos jours, un cylindre noir gigantesque apparait en Antarctique. Son origine serait liée à celle du Râ...