Les Tortues Ninja sont quatre petites tortues qui deviennent humanoïdes, à la suite d'un contact avec une étrange substance chimique rose, le mutagène. Splinter, un maître en arts martiaux transformé en rat à la suite d'une mutation similaire, va les accueillir dans les égouts de la ville de New York et leur enseigner le Ninjutsu, l'art des ninjas.

Ils vont ensuite faire la rencontre d'une journaliste nommée April O'Neil, qui va les aider à lutter contre la bande de Shredder, un criminel qui se cache derrière un masque de fer...