Un monstre extraterrestre s'éveille d'un sommeil de six milles ans dans une faille de la croûte terrestre sous le Japon. Il survole l'archipel du Japon et attaque Godzilla qui vient de raser la ville de Nemuro. Tous les éléments sont en place pour un combat à finir entre le monstre extraterrestre, Godzilla et les citoyens de Shinjuku.