A la recherche du monstre mécanique MechaGodzilla, un sous-marin est attaqué par une créature d'un genre nouveau, le Titanosaure. Un biologiste et un agent d'Interpol vont découvrir que ces 2 créatures sont sous le contrôle d'un scientifique misanthrope aux mains des extra-terrestres qui veut anéantir Tokyo. Mais Godzilla veille...