Après avoir perdu connaissance, Joe Shimarura se réveille dans un laboratoire, mais avec une très mauvaise surprise : son corps a été, à son insu, entièrement modifié, cybernétisé ! Notre héros cyborg n'est pas la seule victime, huit autres personnes ont également été enlevées puis opérées de la même façon, par une organisation connue sous le nom...

À la suite de l'enlèvement du docteur Cosmos (qui découvrit l'existence d'une super-énergie dans l'univers) et du cyborg 001, le premier des 9 cyborgs, par des forces alors inconnues, les cyborgs restant décident de partir à leur rescousse à travers l'espace à bord de l'Ishmael, le vaisseau récemment atterri sur Terre...

Dans le but de conquérir la planète, la puissante organisation mafieuse Black Ghost enlève 9 humains afin de les transformer en cyborgs dévolus à leurs terribles desseins. Chacun vient d'un pays différent, chacun est doté d'un pouvoir particulier. Mais les 9 se rebellent contre l'organisation et vouent alors leur destinée à détruire toutes les...