Daniel Jackson découvre l'adresse complète à 8 symboles de la porte des étoiles de la cité d'Atlantis. Mais au cours de leur première visite d'une planète, grâce au nouveau réseau de portes de la galaxie de Pégase, l'équipe d'Atlantis découvre un nouvel ennemi appartenant à une race d'extraterrestres appelés Wraith...

Pendant que le SG-1 recherche un artefact pour défaire les armées de l'Ori, ils apprennent qu'une flotte de vaisseaux d'Ori sont sur le point d'être envoyés par le supergate pour lancer un assaut final sur la terre. Daniel découvre que l'objet façonné, l'arche de vérité, se trouve surement dans la galaxie d'Ori, et...

SGU suivra un groupe de soldats, scientifiques et de civils abandonnés à eux-mêmes après qu'ils furent forcés de fuir à travers la porte des étoiles suite à une attaque de leur base secrète. Les survivants qui en réchappent se retrouvent à bord d'un vaisseau Ancien (le Destiny) perdu au fin fond de l'espace. Ils seront conduits par le Dr David...