Après le 2nd impact, la terre est dévastée mais l'humanité a réussi à survivre. Cependant une nouvelle menace est proche, l'attaque des anges va commencer et si ils arrivent à entrer en contact avec adam (le premier ange, celui qui a déclenché le 2nd impact) alors se produira le 3ème impact qui aura pour effet la destruction complète de l'...

14 ans ont passé depuis le Troisième Impact. Les attaques des anges contre l'humanité continuent.

Shinji Ikari est ramené à la vie et découvre que le monde a changé: la Terre a été ravagée, ses anciens alliés de la NERV lui sont dorénavant hostiles et Rei Ayanami, la fille pour laquelle Shinji a tout risqué, demeure introuvable. Alors qu'...