01/01/2004 – 25 min
Les membres de la section 9 doivent faire face à une prise d'otages dans l'ambassade chinoise. Ils doivent neutraliser les terroristes sans faire la moindre victime côté otage, condition à la réhabilitation de la section 9.
01/01/2004 – 25 min
Gino, ancien militaire, transporte des personnalités dans un hélicoptère. Il rêve de changer le monde en tuant les personnes qu'il croit compromises.
07/02/2004 – 25 min
La section 9 simule une tentative de cambriolage pour s'infiltrer chez Mr Todokoro et récupérer des documents compromettants dans son coffre-fort.
07/02/2004 – 25 min
Lors d'un exercice d'entraînement militaire, un pilote d'hélicoptère décède d'une crise cardiaque. Cependant, l'IA de soutien prend le contrôle de l'appareil et refuse d'obéir aux ordres de retour du commandement.
06/03/2004 – 25 min
Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.
06/03/2004 – 25 min
Le corps d'un individu ayant menacé le gouvernement est retrouvé détruit. Togusa est chargé de l'enquête qui va le conduire à Tokyo.
03/04/2004 – 25 min
La section 9 est chargée de transporter du Plutonium à travers un centre de réfugiés. Gōda les accompagne.
03/04/2004 – 25 min
Pendant que Ishikawa enquête sur Gōda, le reste de l'équipe est sur la piste d'un suspect dans l'affaire des 11 individuels.
08/05/2004 – 25 min
Alors que des attentats-suicides se succèdent, le major infiltre un super ordinateur gouvernemental pour enquêter sur Gōda.
08/05/2004 – 25 min
En rentrant chez lui, Togusa tente de porter secours à une jeune femme en vain. Il parvient néanmoins à neutraliser le tireur ce qui va lui porter préjudice lors du procès immédiat.
05/06/2004 – 25 min
Lors de tests de recrutements pour la section 9, le major Kusanagi se retrouve dans un univers rempli des souvenirs de différentes personnes.
05/06/2004 – 25 min
Ishikawa et Borma fouillent la mémoire de Kawashima à la recherche de pistes sur les onze individuels alors que Kusanagi part à la poursuite de Kuze qui a tenté d'assassiner le premier ministre et qui vient d'être localisé.
03/07/2004 – 25 min
Alors que la section 9 suit la piste d'un artisan du visage, quelqu'un se faisant passer pour Paz commet des meurtres.
03/07/2004 – 25 min
Au cours d'une partie de poker, Saito raconte une histoire sur ce que serait son passé, bluff ou réalité ?
07/08/2004 – 25 min
Les Tachikomas débattent sur l'affaire des onze individuels ainsi que sur leur "ghost".
07/08/2004 – 25 min
Le premier ministre a convoqué Aramaki au sujet de la menace d'une révolte des réfugiés à Dejima. À la section 9, Ishikawa revient d'un voyage en Corée et fait son rapport sur son enquête sur Kuze.
04/09/2004 – 25 min
Motoko Kusanagi se rend à Taïwan pour enquêter sur Hideo Kuze où elle rencontre un jeune réfugié ayant côtoyé Kuze. Elle va devoir le sortir d'affaire.
04/09/2004 – 25 min
Motoko et Batō tentent d'intercepter un terroriste international, poseur de bombe, à Berlin. Batō y rencontre une jeune infirme qui l'intrigue.
02/10/2004 – 25 min
Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.
02/10/2004 – 25 min
Kuze va acheter du Plutonium à un mafieux russe pour faire de Dejima une puissance nucléaire. La section 9 se rend sur l'île d'Etorofu où doit avoir lieu la transaction.
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